按照司马迁既定的写作模式。失败者项羽是无论如何也不该出现在本纪里的，纵观他的事迹，列入世家或者列传是最合适的，但他不仅在本纪里，而且地位还非常高，排在秦始皇之后刘邦之前，这就表明了司马迁认定项羽在历史传承里是承上启下的，而这种安排，其实是司马迁的一种报复。
公元前99年，带领五千步卒横扫匈奴的大将李陵因为士卒死伤殆尽而外无救援的情况下选择了投降，这对匈奴来说是天赐良将，但对汉王朝来说，却给他们落井下石选择了机会，面对着众人包括汉武帝对李陵口诛笔伐的辱骂，司马迁站出来为李陵说话，说明李陵投降是暂时的，只是权宜之计，他一定在寻找机会报答汉朝，但司马迁又说李陵是因为在没有救援的情况下才投降的，这让汉武帝认为是司马迁刻意污蔑他穷兵黩武，并且想要借此打击外戚李广利，于是，司马迁被李陵事件牵连判处死刑。
判处死刑后的司马迁想要活命有两条路走，一是出五十万买命，二是接受宫刑的处罚，作为穷书生他哪里拿得出这么多钱，但作为男人又怎么会选择宫刑，最后，为了完成父亲未竟的事业，他选择了自我精神信仰，选择了后者。
司马迁受了宫刑后，无论是身体还是心理都遭受着极大的折磨，他描述这段黑暗岁月时说："肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知所往。每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也。"他的忍辱负重终于支撑起残破的人生，之后他发愤图强，终于写出了《史记》。
