1、刑律之争。按照宋朝刑律，子女在父母服丧期间的娶妻或者出嫁是被法律明确禁止的，因此阿云与韦氏即使已经订婚，也属于违法行为，官府并不支持，所以阿云并未被认定为"谋杀亲夫"，这一点大家都没有意见。在律法层面，大家争论的关键在于，阿云是否应该"减刑"。根据《宋刑统·名例律·犯罪已发未发自首》的规定，自首减刑主要有五种情形：一是犯罪行为未被发现或受害人尚未告发，罪犯主动到官府自首的；二是罪犯所犯的轻罪已经被发现，但犯人却主动交代了尚未被发现的重罪；三是犯罪之后，罪犯让他人代为自首的；四是如果有容隐犯罪者行为权力的亲属或部曲、奴婢代为自首的；五是被官府捉拿后，主动承认官府问询范围以外罪行的。如果按照宋律的规定来看，阿云这种"坦白从宽"显然不属于任何一种自首减刑的情况，许遵认为阿云应该适用自首减刑的理由是于法不符的。
2、慎刑派和重刑派之争。北宋初年，宋太祖赵匡胤、宋太宗赵光义均认为应该"用重典以救时弊"，因而推崇重刑治国，各级官员在法律执行方面，多为从严、从重、从快。因此，《宋刑统》虽然基本沿用《唐律》，但在宋初的执行力度上，无疑要更为严厉，这是符合北宋初年天下大势的。而随着政治社会的逐渐稳定，严峻的刑罚却显然已经不再适用，因而很多朝廷官员便希望把"罪疑惟轻"当成断狱和立法的普遍准则，而不再是法外施恩的临时举措，这是慎刑派的主要观点。而重刑派则认为应该遵从祖训和旧例，对犯罪行为保持严惩态势，从而保证威慑效果。而"登州阿云案"恰好就发生在律法从严到宽的关键转折阶段，双方自然据理力争。
赵光义
3、变法派和守旧派之争。"登州阿云案"恰好发生在宋神宗任用王安石变法前后，王安石变法的一系列政策，显然触动了很多人的利益，这些人自然而然地站在了王安石的对立面。对于这些守旧派来说，他们的目的就是不惜一切代价、手段，打压变法派，他们才不会去关心案件的本身问题，只要是王安石支持的他们就反对，只要是反对王安石的他们就支持。这是造成这种争论持续不下、且争论范围逐渐扩大的主要原因，同样也是造成哲宗时期案件出现大反转的原因所在。
综上所述，"登州阿云案"看似不太复杂，但其中牵扯的方方面面元素太多，至于司马光主张按照宋律对阿云进行惩处，是为了维护法律的尊严，还是单纯地依法行事，甚至是为了打压变法派，我们就不得而知了。
