当时就在袁崇焕与皇太极激战僵持不下时。孙承宗派出3000劲旅，突袭清军。直到后来名将袁崇焕牺牲，孙承宗看手下无大将。便召回山海关的老部下祖大寿。同时他又调动战船逼退皇太极撤出关外。他运筹帷幄，这才稳住了当时的大局。
后来孙承宗因延误工期，遭奸臣陷害被解职。皇太极得知消息后，再次率大军进攻明军。此时的明朝再无大将可用。以至于清军长驱直入，明朝再无力抵挡清军。后来清军入关推翻明朝，抓获孙承宗。多尔衮看他是个人才，便亲自去劝降了。然而孙承宗宁死不屈。最后清军害怕他再次带领军队反抗清军。为斩草除根将他一家40余口满门抄斩。
