南燕都城被围，其余各地守军纷纷投降。北府军因而得以就地获取补给，不再从江南、淮北长途运输后勤物资。在军事进攻的同时，刘裕在南燕境内大规模招降封赏以收拢人心。这一招，不仅使南燕的汉人遗民非常高兴，其官员军将也不再抵抗，大将垣遵、垣苗率众归顺，这无疑极大地减轻了北府军的军事压力。
八个月后，北府军攻破城池，慕容超逃跑不成，被北府军生擒，不久后被斩于建康。东晋因之收复山东泰山以东的疆土。至此，存在了十一年的南燕宣告灭亡。
义熙十二年（公元416 年），刘裕决策伐秦。
后秦的版图像一个不规则的矩形，陇西地区以兰州为西界，关中地区以延安为北界，山西一带以介休为北界，河南一带则只据有黄河以南的洛阳、郑州、商丘一线，南则以信阳、南阳和陕西商南汉中为界。刘裕的计划是，首先切割河南洛阳以东的矩形地区，然后合兵进攻关中。这个计划比较稳妥而科学，河南东部是后秦力所不及的地方，击之易取；后秦的北界正好有宽阔的黄河水道，利于北府军舟师行进。具体的行军安排：
