朱由崧登基时，左良玉没在南京，未曾参与那一场争斗，后被封为宁南侯，镇守武昌。马士英等人担忧他成为东林党人的依靠，刻意交好他，但后来还是闹翻了。左良玉一怒之下，以清君侧为名，发布檄文讨伐马士英，进军南京。
是的，大家没看错，在满清和起义军都进攻弘光的情况下，弘光的大将还造反了。行到九江时，左良玉病死，他的儿子左梦庚率余部投降清朝。
这“余部”有多少呢？具体兵力不得而知，只知道从汉口到蕲州，排列了二百多里长的军舰。还有一个参考数据，左良玉刚到武昌时，拥兵八十万，是东部各镇兵将最多的，虽然朱仙镇一战中精锐尽失，损兵折将，但一、二十万应该有。
对于风雨飘摇的弘光朝来说，这个打击是致命的。更严重的是，马士英为防左良玉，强命史可法尽撤江防之兵前去迎战，史可法不得不去，导致江淮防线空虚，清军又拿下多座城池。
史可法无奈，只得撤至扬州，在这里继续抵抗清军的进攻。弘光元年（清顺治二年，1645年）四月，多铎兵围扬州，史可法紧急向周边各镇求援，只有刘肇基去了。
两人率领着扬州军民，与清军展开殊死搏斗，大败。刘肇基战死，史可法拒降被杀。清军的损失也很大，多铎为了泄愤，城破后展开屠杀，足足杀了十天，史称“扬州十日”。
此役过后，弘光就没有未来了，众大臣献南京降清，朱由崧被俘获，押往北京处死，有望复明的弘光朝，仅存在了一年。
这里还有件奇事，口口声声坚决抗清的东林党首领钱谦益，天下读书人的典范，在清军到来时降得比谁都快。他的小妾柳如是说咱们投水殉国吧，钱谦益同意了，到了水池边试了下水温，说“水太冷，不能下”，柳如是执意投水，被钱谦益强拖回家。
