后来，陆树声担任了南京祭酒事，也就是负责管理国子监的生员，他不仅管理严格，而且还亲自拟定了10多条的学规，用来督促鼓励他们。皇帝听说了这件事后，很看重他，因而提拔他做了吏部右侍郎，他以病推辞不去。
后来，明穆宗即位，再次下诏提拔他到吏部为官，但陆树声仍然坚持推辞不就，而正是陆树声这种淡泊名利的做法，让他在当时的名声更大，因此，皇帝也更加看重他，人们更是想请他在朝为官。在明神宗嗣位后，还亲自派使者到陆树声家里，授予他礼部尚书一职来表示礼遇，这一次陆树声力辞不得，只能赴任了。
起初，因为陆树声多次辞官，又推辞皇帝的任命，朝廷内外大臣都仰慕他的高风亮节，但凡有重要的职位空缺，一定会首先举荐陆树声去担任，唯恐他不答应。那时张居正权倾朝野，他也很看重陆树声这个人，多次但他的家里去拜谒，但陆树声不为所动，也没有很好招待他，最终张居正只得失望而归。
张居正曾经对陆树声的第弟树德说：“朝廷行相平泉矣。”而平泉，正是陆树声的一个别号。
他听了这件事以后，说道：“我不过是一个史官，离开朝廷二十年之久，难道还打算提高自己的官位吗？他不过是想用这一番假话空话来笼络我罢了，这对我来说又有什么意义呢？”
