次年6月清军乘钱塘江久旱水枯，渡过江迅速平定浙东。南明大臣们或死或降，朱以海出海逃到舟山，鲁王政权建立不到一年也告灭亡。
顺治三年（1646年）11月，隆武帝朱聿键之弟朱聿鐭在广州被拥立为帝，建立了绍武政权。一个多月后，明朝降将李成栋率部攻入广州，朱聿鐭自缢殉国。绍武政权仅存在41天，可就在这段短短时期内，还与在肇庆建立的永历政权为了争正统而大打出手。
大敌当前，这些明朝宗室朱氏子孙和他们的拥戴者们，没有团结一致，合力抵御外侮，反而是争权夺利互相倾轧，甚至同室操戈自相残杀。最终又怎能逃脱被各个击破，斩草除根的共同下场。
顺治三年5月，清摄政王多尔衮以明衡王、荆王欲起兵为由，将在北京居住的弘光帝朱由崧与秦王朱存极、晋王朱审烜、潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷等十七人斩首于菜市口。
明军各级将领争先恐后地竞相投降清军，向新主子邀功请赏。以至于在满清征服明朝的过程中，几乎没有付出多少代价，清军总是以投降的明军打头阵。
多次凶残的屠城也多是由尚可喜、李成栋这样的降将领头操刀。在消灭本民族政权的过程中，汉奸们往往比之异族更为凶狠决绝。
矛盾重重，内耗严重，加上汉奸成群，毫无节操。这些注定了南明政权不能如同南宋对峙金国那样，坚守中国南方的半壁江山。
