第二、没弄清真正的敌人是谁。虽说明朝是李自成直接灭掉的，可是南明的真正敌人并非李自成，而是入侵的清军，南明朝廷前期一直联合清军，共同围剿李自成，他们本以为这些外来满人，只想捞点好处就回去，整个南明朝廷都低估了清军的野心。
李自成被灭后，南明才反应过来，原来清军入关是想要夺天下的，但为时已晚，他们原本以为李自成被击退后，给予清军一定好处，他们就退到关外，这是南明朝廷犯下的最大错误，跟李自成之间是兄弟间的矛盾，但南明朝廷让清军帮忙，这是引虎驱狼的昏招。
第三、不重视人民群众的力量。当南明朝廷看清清军的野心后，就应该联合农民起义军，共同把清军扫出去，可南明却一直对起义军有排挤，当时南明军队的战斗力，根本无法跟起义军相比，如果南明能好好收拢这些起义军为己所用，清军根本没机会。
南明到后期，也只有这些农民起义军一直效忠，比如后来的川东十三家，就是当年李自成旧部组成的起义军，一直反清复明，直到康熙年间才被剿灭，这么强大的力量，可惜南明却不能好好利用，岂能不败？
