五四爱国运动爆发后不久，1919年6月11日，陈独秀因起草并散发《告北京市民宣言》在京被捕入狱，胡适被捕的谣传也传至上海。孙中山闻讯后，利用自己的政治声望积极营救。6月14日，孙中山领导下的国民党《民国日报》全文发表陈独秀《告北京市民宣言》，15日该报又发表《北京军警逮捕陈独秀黑暗势力猖獗》，强烈谴责北洋政府倒行逆施的行为。1920年9月上旬，北洋政府代表许世英到上海进行南北和议。1919年12月沈玄庐在致胡适的信中讲述了此事："孙先生一见着许世英，就说起你和独秀被拘的话。当时《每周评论》被封，上海方面大传你也被捕的话。所以孙先生对许说：'独秀我没见过，适之身体薄弱点，你们做得好事，很足以使国民相信我反对你们是不错的证据。但是你们也不敢把来杀死……他们这些人，死了一个，就会增加五十、一百。你们尽做着吧！'许听了这番话，口口声声的'不该，不该，我就打电报去'。没有几天，我们就听到独秀出狱的消息。当时很赞同孙先生的话说得好。"
李大钊致胡适关于孙中山抵沪后之态度函
1921年7月，中国共产党第一次代表大会召开，陈独秀当选为中共中央局书记。1921年9月，陈独秀回到上海主持党组织工作，住在老渔阳里2号（今南昌路100 弄2号）。陈独秀回沪的消息，引起了法租界巡捕房的注意。1921年10月4日下午，法租界密探闯入陈独秀住宅，逮捕了陈独秀和正在此处的高君曼、杨明斋、包惠僧和柯庆施等人，并搜出《新青年》《劳动界》《共产党》等杂志。被捕后，陈独秀化名王旦甫，并嘱咐包惠僧等人将一切都推在他身上，不可泄露党的秘密。后来，去陈家访问的褚辅成和邵力子也被捕。陈独秀被捕的消息传出后，中共中央局宣传主任李达电请孙中山设法营救。共产国际代表马林聘请法国律师巴和为其辩护。孙中山得知消息后，立即发电报给法国驻沪总领事予以营救。之后，法国驻沪总领事又致电法租界警务处协调此事，最终此案以罚款了事。陈独秀出狱后，得知这是孙中山、李达以及马林合力营救的结果。
1922年6月16日陈炯明在广州发动武装叛乱后，孙中山被迫离粤赴沪，第二次护法运动失败。来到上海后，孙中山下决心探索革命新路，思考中国革命的未来方向与联合力量。在孙中山决心联俄、联共、改组国民党的过程中，陈独秀起到了重要作用。
在陈独秀的建议下，共产国际代表维经斯基早在1920年11月在上海拜访孙中山，表达了双方联合的愿望。1921年1月，维经斯基又在陈独秀的陪同下在广州拜见孙中山。1921年12月，在陈独秀和林伯渠的安排下，共产国际代表马林与孙中山在桂林会面，并进行了三次长谈，使孙中山与共产国际建立了直接联系，对共产国际和苏俄有了进一步的认识和了解。
当时，马林通过考察认为，中国共产党在当时的力量还比较小，工人阶级的人数也很少，而国民党同情工人阶级，支持工人运动，孙中山"倾向于社会主义"，对俄国革命持赞同态度，允许在其党内进行共产主义宣传。因此，他从广州返回上海后，向中共中央提出共产党员应该加入国民党的建议，但是遭到了陈独秀等大多数共产党人的反对。
李大钊
