其实，忽必烈军队的获胜也在情理之中，除去人数众多，英勇善战、纪律严明外，他的大军还有着十分充足的后勤保障，能够持久作战。而漠北的阿里不哥军队失去了汉地物资供应，开始面临着严重的给养困难，这在和林城中表现得特别明显。
和林城的饮食通常是用大车从汉地运来的，当忽必烈封锁了从汉地通往和林的运输后，那里便开始了大饥荒，物价飞涨。阿里不哥陷入了绝境，阿里不哥便把阿鲁忽遣送回去，任命他执掌察合台汗国。不过，事与愿违，阿鲁忽执掌察合台汗国后，开始不听阿里不哥的命令，并逐渐倒向忽必烈的阵营。
当忽必烈到达和林时，擒获了阿里不哥的全部四个斡耳朵和一些蒙古勋贵的斡耳朵，忽必烈将他们遣回并令其驻扎在各自的营地。
那年冬天，忽必烈在汪吉--沐涟（今蒙古国翁金河）附近过了冬。这时惊魂未定的阿里不哥带着瘦弱饥饿的军队驻扎在谦谦州（位于今唐努山以北、叶尼塞河上游流域）边境，由于害怕忽必烈追击，阿里不哥派出急使请求忽必烈的饶恕，这时忽必烈遣散了宗王的军队,让他们各自回到自己的分地，并命令东道诸王移相哥率十万军队留守和林，自己则在哈刺温一只敦地方他的帐殿里停驻下来。
在取得对阿里不哥作战的胜利后，整个蒙古帝国的形势发生了巨大的变化，驻守在中亚、西亚的旭烈兀和察合台兀鲁思的首领阿鲁忽都倾向于支持忽必烈，他们各自向忽必烈派出了使节，而忽必烈也派出使节以拉拢旭烈兀和阿鲁忽。这时，术赤兀鲁思的首领别儿哥也向忽必烈和阿里不哥双方派去了使节，劝他们和解。然而阿里不哥只是假意议和，其真正的用意是积蓄力量，等待时机。
