翁同龢以朝廷财税紧缺为由，大肆削减海军军费，致使北洋水师多年来不曾购买新舰，枪炮、锅炉。舰体老化严重，甚至无钱购买优质燃煤，只能以劣质燃煤代替。作为清朝水师"嫡长子"的北洋水师尚且如此，南洋水师的情况可见一斑。
基于这种情况，1894年甲午战争开始，李鸿章对南洋水师是否前来参战并不热心，并且认为面对日本海军，北洋水师尚且未必能与之一战，南洋水师更是不堪一击，这种想法是有一定道理的。
随着战事的深入，清廷也不得不命令南洋水师驰援北洋水师。南洋水师以装备陈旧、人员缺乏为由，要求北洋水师甚至广东水师派遣舰艇管理人员，但始终未被解决。这样一拖再拖，终究没能赶赴黄海战场。
这一点也充分说明，在太平天国运动中一步步成长起来的，以汉人为主的封疆大吏，清廷已基本失去了控制权。
