期间更遭过大难，尤其是淮西军变，被叛将郦琼当见面礼送了伪齐，从此沦入敌手四年，直到绍兴十一年（1141）拓皋大捷，才由名将杨沂中收回。那个两宋之交的血火岁月里，这个城市再次以承受兵火的代价，为风雨飘摇的南宋，扛住了半壁江山。由于代价沉重，庐州也被破坏的严重，还要继续担任"输血"工作，所以长期折腾，也就长期残破，后来金国完颜亮南侵，庐州官员仓皇逃跑，若非庐州军民百姓硬气，组成游击队浴血抵抗，外加虞允文在采石矶大破金军扭转战局，南宋极有可能就此打住了。如此教训，也让南宋政府下了决心：重修庐州城。宋孝宗乾道五年（1169），庐州知州郭振甩开膀子翻修，给庐州来个大变脸：沿金斗河把城池扩建成两岸，规模人口焕然升级，防务森严更兼生产热闹，号称斗梁城。今天合肥城市，就是以此为基础。
而在当时，庐州成了铁壁坚城，南宋战争机器上，更是重要枢纽，先是让金兵连吃了苦头，后来蒙古崛起，更叫蒙古帝国吃瘪。嘉熙二年（1238）庐州大战，宋将杜杲依托庐州坚城，大破蒙古名将察罕东路精锐，之后几十年里，从蒙古帝国到元帝国，庐州始终不屈不挠，多次挫败阿术等名将的进攻，南宋能坚持这么久，庐州就是个难过的坎。这个难过的坎，直到南宋德祐二年（1276）正月，在南宋都城临安沦陷，南宋谢太后与宋恭帝投降的消息得以证实后，镇守庐州的南宋置制使夏贵，这才选择了投降。这个蒙古大军始终未能攻克的城池，再度结束了分裂年代的守护使命。元朝一统天下，昔日商业重地庐州，是否又要进入和平发展了？一个全新的灾难，却才到来！二：元朝新产业，朱元璋嫁衣元朝能得天下，一大优势就是横扫世界的骑兵，要维护统治，就要维护骑兵，要维护骑兵，就得养马。
养马这事，是元朝长期以来大事，实施起来，却是简单粗暴：等到一统天下，放眼锦绣江山，更是脑洞打开--这么多肥沃好地，用来种粮食太浪费，改成养马放牧不是更好？不但这么想，还真敢这么干，元朝大军打到哪里，就把养马新产业推到哪里，大批的肥沃农田变了牧场，大批农民要么流离失所，要么沦为牧马奴隶，等到南宋灭亡，天下一统，南方富饶土地也入了眼，尤其是庐州。庐州这地方，水草丰美气候适宜，按照中原人观念，是发展生产的好地方，放在元朝统治者眼里，就成了放马的好地方。其实要只是发展养马产业，也并非不可，但元朝的养马政策，却是结结实实一个坑：全国设十四个官马道，管理政府的官办牧场，牧草全是低价向周边百姓盘剥，放马的牧工们薪水微薄压力大，死匹马就要赔到倾家荡产。典型暴政！而在当时中国南方，除了云南外最大的一个牧马场，正是庐州牧马场。
