同时，对于高宗乃至赵宋"祖训"的"重文抑武"，孝宗大胆纠正。为重振武风，孝宗不仅倡导文官要兼具武官素养，直接擢升武官的身份等级，还直接推行"锐意武备，严教阅、修器械，凡州郡禁卒、士军弓手，以至民兵，并加训齐"的军事改革。
为了提振将士信心，"文绉绉"的孝宗曾五次身着戎装检阅南宋军队。为了保障军队后勤给养，他甚至还勒紧了自己家的裤腰带，过上了简朴的生活。
对于高宗时代权臣秉政，党同伐异的混乱政局，孝宗及时治理。在继位的第九天，孝宗即发布求谏纳言的诏书。仅仅是在刚继位的半年内，他就发布了至少五道同类诏书，打通下属和百姓发表意见的通道。
