1682年，清廷重新起用施琅，复任福建水师提督，负责指挥收复台湾的水陆人马。一开始，康熙还让姚启圣与施琅共同指挥，意识到施琅才是真正合适的将领后，康熙将全部指挥权交给了施琅。
经过一年多的准备，施琅摩下已经拥有238艘战船，24000名士兵，具备了与郑氏集团决战的能力。1683年6月14日，施琅率船队从铜山出发，首要目标是澎湖以南的八罩岛。
郑军方面的主帅是刘国轩，是郑成功手下的老将，参加过反攻南京、收复台湾等战斗。郑克塽上台后，刘国轩掌握了郑氏集团的军权。确定了清军准备攻台，刘国轩亲自坐阵澎湖，迎战施琅。
7月16日，施琅进攻娘妈宫。刘国轩指挥水军奋力战斗，粉碎了施琅的企图。双方互有伤亡，施琅还受了伤，但没有大碍，不影响继续指挥。
