"口衔天宪"和批红权让刘瑾几乎一下子就成了另一个"九千岁"。传达口谕本就给了他一定的徇私舞弊的机会。批红就更是让刘瑾直接拥有了一部分帝王的裁决权。
而因为刘瑾本人文化程度不高，并不能恰当地处理众多文书。所以他还招揽了一个平平无奇的县学生张文冕，并叫来了自己的侄女婿孙聪。每天，刘瑾将呈送给朱厚照的文书带到宫外自己的府邸，张、孙二人便在刘瑾的授意下完成批红。此举虽看起来是件小事，但却弱化了内阁在帝王批红过程中的作用，使得曾经能与宦官群体相制衡的内阁被进一步弱化。
内阁都不好过了，外朝的一众文臣在刘瑾的敌视下就更是举步维艰。被刘瑾视作"仗社会舆论之势以欺人"的谏官给事中，被要求每天都得由锦衣卫点名登记，记录日常活动。明明没犯什么大错的 外臣，也时常被刘瑾以一些小事毫无差别的羞辱。正德三年（1508）六月，刘瑾掀起的"匿名文书案"就让三百余位官员被当众罚跪，晚上还被关进了锦衣卫。
