公元402年，刘裕终于迎来了生命中第一次飞黄腾达的机会，他牢牢抓住这次机会改变了自己的命运。
东晋都督桓玄爆发叛乱，朝廷以尚书令司马元显为骠骑大将军，命刘牢之为前锋镇压这次叛乱，不料此二人一个怕死，一个贪财，结果都被收买，桓玄兵不血刃进入都城建康，夺取东晋大权。
桓玄上位后对北府军极其防备，他怀疑这些人心向旧主，于是来了一场大清洗，先后杀害了吴兴太守高素，辅国将军朱谦之，彭城内史刘秀武……甚至连为他立下大功的刘牢之都被迫自杀。刘裕一点也不担心，此时他还是个小小的参军，他知道清洗也没他什么事，人都死光了，他的位份也就可以晋一晋了。
果然不久后，刘裕就成为桓玄的左膀右臂，后因破卢循有功，刘裕被提拔为彭城内史，为桓玄的弟弟桓修所器重。而此时桓玄也篡位称帝。
