接着刘裕被推举为盟主，传檄四方，一时间震惊天下，各地纷纷起义。
桓玄自从知道刘裕反了，整天忧心忡忡，他手下说："陛下不必担心，刘裕力量弱小，恐怕成不了什么事。"桓玄此刻才信服妻子刘氏的话，他认为刘裕可以成事，但还是决定奋力一搏。
桓玄先派手下猛将吴甫之及皇甫敷带领精兵抵抗刘裕，刘裕与之鏖战几天，刘裕身先士卒，始终冲在前面，士兵见状个个勇往直前，最终刘裕斩吴甫之于马下。不料在与皇甫敷大战时，刘裕成了孤军险些丧命，幸亏部下赶来一箭射杀皇甫敷。
桓玄见状不妙，慌忙坐船弃城逃跑，刘裕坐镇京师。此时健康已被桓玄玩废了，乌烟瘴气的，刘裕在短短几十天时间里让京城井然有序，官员各司其职，朝廷恢复了正常秩序，可见他的帝王之才。
