之后，赫连勃勃的大夏政权攻打后秦，让后秦进一步衰落。后燕建立初期强盛一时，不仅灭掉了西燕政权，还击退东晋的讨伐，面对北方的拓跋氏也曾经给以重创。不过，随着拓跋氏北魏政权的壮大，后燕也无法阻挡北魏的攻伐，最终分裂成了南燕和北燕而而一蹶不振。
在这种乱局之下，江左势力当然也不会放弃北伐，这次北伐的主帅是从东晋内部乱局中崛起的刘裕，之后建立刘宋政权的宋武帝。彼时的刘裕，刚推翻了篡立的桓玄，声势在江左初振，继续更大的功绩来巩固自己在江左的地位，于是刘裕选择了与桓温一样的方式--率军北伐。
刘裕率军北伐之时，也有着不错的战机，并不差于前两次北方乱局的机会，加之刘裕军事才能不凡，几次北伐之中都取得了不俗的成绩，超出江左之前数次北伐的成绩。先后覆灭南燕、谯蜀，重创仇池之后又趁后秦颓微之际，率军覆灭后秦政权，不过在刘裕率军返回江左之后，恢复的长安又被赫连勃勃夺走。可刘裕之功绩，依然将江左疆域极大的扩充，黄河以南的大片土地得以光复。
但是，刘裕的北伐虽然取得了不俗的战绩，却依然并没有彻底实现晋室东渡之时便立下的夙愿，依然未能实现中原的光复，这依然要归结于江左内部的动乱，导致刘裕无法全力讨贼，最终将十六国时期的北方最后一次光复良机错失。
