南明的第二个问题就是朝廷的态度。北宋是女真灭的，所以南宋自然跟女真不共戴天，全力抗击。而明朝却是李自成灭的，这就导致了南明对待真正的敌人满清，偏向合作，企图割让北方，联清灭寇。所以南明与农民军各自为战，还时常对立，大大削弱了抗清的军事力量。要知道，打着明朝旗号，坚持抗清到最后的夔东十三家还是大顺军余部。
而当后来，南明意识到满清想要征服全中国的野心，与农民军联合时，早已经失去了最佳战机。
南明还有一个根本问题，就是财政。南宋虽然偏安一隅，财政体系并没有崩溃，比起南明来说，已经算相当健康，不仅可以支撑之后的多次北伐，还能交往其他政权，牵制金国。
而南明呢，弘光时暂时且拥有江南税赋之地、湖广鱼米之乡，政府部门相对完整，而后来每个小朝廷实际控制地区都相当破碎狭小，鲁王、隆武两个政权还在浙闽一代互殴，都要亡国了也不结盟。
