怀恩身在宫中，亲眼看到官场上一幕幕令人触目惊心的斗争，对于搞阴谋诡计的宦官奸佞之徒深恶痛绝，对于无辜遭到排斥、打击的正直之士深表同情。他从维护朝廷的威严出发，极力为蒙受冤屈的正直之士申辩。
宦官阿九为宪宗皇帝所信赖。他的哥哥任京卫经历。因犯罪受到职方郎中刘大夏的笞打责罚。对此，阿九怀恨在心，遂无中生有，向宪宗诬告刘大夏。宪宗不分青红皂白，下令将刘大夏逮捕，关进诏狱，又传令东厂进行侦缉、搜查，结果一无所得。怀恩查知其事之原委，得知刘大夏实属冤屈，于是全力营救，为刘大夏申辩。经过东厂的侦缉、搜查，也未找到刘大夏的任何罪证，于是宪宗决定对刘大夏杖责二十而后释放。
怀恩对于宪宗可谓一片赤诚，效尽犬马之力。可是，到头来仍不能免遭宪宗的斥逐。
这是因为万贵妃的谗言所致。万贵妃是一个不寻常的女子。她比宪宗大十九岁。但她却能使宪宗对她宠爱如一，成为始终最受宠的宫妃。为了不使自己失宠，她把眼睛钉在其他宫妃身上，生怕别的宫妃怀孕、生子。尽管她机关算尽，可是终究也不能禁绝。成化七年，柏贤妃生子朱祐极并被册立为皇太子，没多久就被她害死。成化十一年，纪氏所生的朱祐樘立为皇太子。对此，万贵妃恨在心头。她与梁芳等合谋，多次劝说宪宗废掉朱祐樘，另立邵贤妃生子朱祐杭为太子。宪宗宠爱万贵妃，自然应允，但是国有国法，朝有朝章。朝臣们见万贵妃居心叵测，想改易太子，都非常气愤，坚决抵制。这时，万妃和宪宗也清楚地看到在改易太子问题上，怀恩是一个举足轻重的人物。如果怀恩同意，便可以通过他的地位与影响去做工作，成功的希望还是有的。反之，如果怀恩坚决反对，那就难度更大，可以说毫无希望。
这天，宪宗召怀恩入见。谈话之间，宪宗顺便说到改易太子一事，怀恩自然也非常明白圣上的用心。他不由分说，当即脱帽叩头劝宪宗不能改立太子。说罢，伏在地上，痛哭流涕。宪宗见到这般情景，只好作罢。万贵妃闻知，为了解下这心头之恨，她唆使宪宗降旨斥逐怀恩，让他到凤阳守陵司香。
两年之后，宪宗宾天。皇太子朱祐樘奉诏嗣位登基，是为孝宗。孝宗在为太子时，对于怀恩的所作所为及其遭贬都知道的一清二楚。他即位之后，决心修明政治，革除积弊，广开言路，起用正人。文武百官纷纷为他献计献策。恰在这时，一个叫姜洪的御史上疏力荐怀恩，再加上孝宗也知其冤枉，于是降旨召怀恩回京，官复原职，仍掌司礼监事。
没有多久，这位在宫中勤奋供职终生的老太监，终因积劳成疾长辞人世。为了表彰他的功德，孝宗于弘治元年（1488年）闰正月二十八日，特意批准为他建造显忠祠。
