二、斥孔孟为妖
上帝教的另一大思想来源是儒学，这是因为，洪秀全本来就是个半耕半读的书生，还参加过四次科举考试。他的文化价值体系就是儒学，后来接触的那点基督教的皮毛，只能锦上添花，不能喧宾夺主。
洪秀全在其《原道醒世训》《原道觉世训》《原道救世歌》《百正歌》等宗教作品中，大量引用《尚书》《礼记》《诗经》《论语》《孝经》《孟子》等儒学典籍，以此来论证"天下一家""非礼四勿""富贵浮云"等观念。甚至在打到湖北之时，太平军"自孔圣不加毁灭外，其余诸神概目为邪，遇神则斩，遇庙则烧"。这一点倒是可以理解，太平军反对除上帝之外的一切神灵，可是孔子只是个凡人。
但是，太平天国定都南京之后，文化政策出现剧变。不但声称孔子、孟子是"妖"，而且"宣布"凡一切孔孟诸子百家妖书邪说者尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪也"。一时间，在南京城内开展了轰轰烈烈的焚书运动，场面堪比秦始皇焚书坑儒--"搜得藏书论担挑，行过厕溷随手抛，抛之不及以火烧，烧之不及以水浇。读者斩，收者斩，买者卖者一同斩。书苟满家法必犯，昔用撑肠今破胆。文章浩劫古原有，贤圣精灵自不朽。卜筮之书并泯灭，窃恐祖龙笑其后"。
洪秀全将孔孟定性为"妖"，不在于他否定圣人的思想，而在于要打倒圣人的权威。孔孟在中国社会享有至高无上的权威，这严重威胁到人们对上帝的崇拜。而人们对上帝的崇拜与否，直接关系到太平天国的事业能否成功。洪秀全在《太平天日》中记载上帝怒斥孔子说："尔因何这样教人糊涂了事，致凡人不识朕。尔声名反大过于朕乎？"反映了洪秀全对孔子权威的恐惧。
