在进军南京的战争中，萧朝贵和冯云山都先后战死，这使得四位军师只剩下杨秀清、韦昌辉两人。原来太平天国的行政权力中心变成了他们两人负责。但是，由于永安封王的规定，杨秀清的权力太大，无法制约，引发了后来的一系列后果。
在太平天国建都天京后，整个行政流程是这样的。所有各地的报告先归总到韦昌辉的北王府，在北王府进行分类整理后，一般性的事务，北王府就处理了。剩下比较重要的事务，则上交到东王府处理。东王府有一个庞大的行政机构，最重要的事务交给东王亲自处理。东王再上报给洪秀全告知。杨秀清处理事务果断敏捷，曾经一上午就处理了五十件重要事务。
这样，太平天国的政务在杨秀清的掌握下，和韦昌辉相互配合，得以快速的运转。可是韦昌辉发动天京事变，杀死了杨秀清和他的部下，就破坏了这一切。
