这件事的起因还是因为杨秀清权力欲膨胀，想要逼洪秀全封自己万岁造成的。本来，洪秀全是万岁，是太平天国的最高领袖。如果再有一个杨秀清当万岁，和洪秀全平起平坐，就破坏了整个太平天国的组织架构。如此下去，洪秀全的地位岌岌可危。
在这个时候，韦昌辉也出于对权力的欲望，对洪秀全推波助澜。韦昌辉当时是仅次于洪秀全和杨秀清的人物，如果除掉了杨秀清，那么整个太平天国的权力就落入了韦昌辉的手中。因此，韦昌辉才会积极向洪秀全建议除掉杨秀清。
本来洪秀全对于杀杨秀清还心里存有疑虑。但是，一方面杨秀清逼之太甚，另一方面，韦昌辉积极进言。最根本的原因还有杨秀清手下的亲信陈承瑢向洪秀全告密，说杨秀清有图谋杀害洪秀全的意图。这几个方面的原因夹杂在一起，使得洪秀全下了杀死杨秀清的决心，并派韦昌辉去执行。
韦昌辉于是将自己的三千军队调回，在陈承瑢的配合下，进入天京，对毫无防备的东王府发动了进攻。在一场大屠杀过后，杨秀清和东王府的人员都死于非命。但是，天京是杨秀清的老巢，还有很多他的亲信漏网，他们集结起来和韦昌辉的军队发动了火拼。
