一年后，新疆全境收复。这是晚清历史最扬眉吐气的一件大事，是晚清夕照图中最光彩的一笔。
然而，左宗棠的脚步并没有就此停止，他的心思转到了如何保证新疆的长治久安上面。在收复失地过程中，左宗棠就设立善后局，重建地方秩序，医治战争创伤，发展生产，恢复经济。
各地善后局在安置难民、招民垦荒时，一方面招抚当地流散人员，给予土地耕种，另一方面招募内地人民，收留清军中老弱士卒，鼓励地方军队中有妻室者解甲归田。
务农人员的增加和内地先进农业技术的传播，给新疆各地恢复和发展生产带来了活力。大规模发展生产，必须全面整治水利。左宗棠始终把"兴修水利以除民患"，列入"最为切要之务"。
