从这之后，明朝王爷们的权力大大被削弱。在地方官的任命上面，明朝皇室会直接任命，明朝王爷不可以再干涉。明朝王爷们如果没有天子的召见，是不能直接去京城的。就算是自己的生母在皇宫里面去世，明朝王爷们也只能在封地进行祭奠。就算得到准许可以前去京城祭奠，不能进入京城内部的。
特别是明朝中期以后，藩王虽然地位高，但却没有权力指挥本城的知府、本省的布政使等地方官做事，如封地在保宁府（四川阆中）的寿王朱佑耆（明宪宗之子、明孝宗之弟）有一次因为保宁知府打了他的王府属吏，非常生气，就让他的长史拿着自己的亲王令旨去四川巡抚衙门，命令四川巡抚将保宁知府革职查办。结果四川巡抚根本不听他的，并且把这事上报朝廷，明孝宗下令以后长史司不许听从藩王的"乱命"，藩王的命令要是不对，要劝阻，长史司要是去执行藩王的乱命，干预地方行政，允许各省巡抚将长史治罪。
虽然王爷们不再拥有至高无上的权力，但尊贵的地位却让地方官员不敢轻易招惹。王爷们在王府中依然拥有权力，但却不可以随意指挥地方官员，如发现王爷们有不法之事，地方官只能上报朝廷，自己无权处置。
换句话说就是藩王无权指挥地方官做事，但地方官也无权管藩王，特别是王城，那是藩王们的国中之国，藩王们在王城中做什么，地方官无权过问。甚至藩王在地方上违法乱纪，地方官也不能直接处理，只能向朝廷汇报情况，等候朝廷的处理。
