在建文帝朱允炆登基后，遵循朱元璋的话，召回了方孝孺，将之任命为翰林侍讲，很快又将方孝孺提升为侍讲学士，国家大事都要向他询问。
当时建文帝朱允炆喜欢读书，每逢遇到不懂的问题就召方孝孺询问，方孝孺每次也都能对答如流。因此建文帝朱允炆认为方孝孺是一个机智敏达，足智多谋的人。但是朱允炆忽略了一个问题，他所询问的都是理论型知识，是四书五经上的，这都是方孝孺所擅长的，但是真正足智多谋的人并不仅擅长于此，他对于国家大事和军事也应该有所涉猎，显然方孝孺并不能做到这一点。
此时建文帝朱允炆正被一件事困扰着：藩王们势力太大，长期任他们发展下去恐怕会威胁朝廷。于是建文帝决定削藩。但是建文帝的削藩智囊团成员为：首席智囊方孝孺，次席智囊曾泰、发小黄子澄。
当时智囊团对于先削哪个藩王产生了争议，齐泰认为应该先削燕王朱棣（燕王朱棣势头最大），剩下的就方便对付了。而黄子澄却认为应该先削诸王，避免他们和燕王联合，最后再解决形影单只的燕王。此时博学的方孝孺没有引经据典，而是站在了黄子澄这一边，事实证明黄子澄错了。
