但燕王朱棣冒着掉脑袋的风险起兵，岂会为了几块土地罢兵，因此方孝孺的计策又失败了。燕军强行渡过长江，围攻京师，方孝孺建议建文帝朱允炆死守京师，实在不行就以身殉国，结果燕军真的攻破了京师，朱允炆在大火中自焚而死（一说逃走）。
三、被诛十族的方孝孺
虽然方孝孺给建文帝出的招都是昏招，但是这也不妨碍他是天下文人的领袖。因此姚广孝（朱棣的左膀右臂）在进城前曾对朱棣说：方孝孺决不可杀，否则天下读书人的风骨就没了。朱棣见到事情这么严重，在进宫后便立即召见了方孝孺。
他让方孝孺写诏书，安抚天下人，结果方孝孺只写了四个字：燕贼篡位。朱棣大怒，询问方孝孺：你不怕我诛灭你九族吗？
