方孝孺祖上三代从儒，是有名的书香门第。其父方克勤从小就是神童，能熟读唐诗宋词，出口成章。后来被朝廷征召，做了官员，平日里清廉正直，办公做事一丝不苟，深受百姓爱戴。
方孝孺跟丫父亲一样，年少时正直敏捷，十分机警，而且他十分刻苦。每天读的书大约有一寸多厚，当时他被同乡人称为小韩愈（韩愈是唐宋八大家之一），可见其博学程度。
等到成年的时候方孝孺师从明朝第一学者宋濂，当时宋濂的很多门生学问都不及方孝孺。虽然师承第一学者宋濂，但方孝孺却并不喜欢辞藻华丽的词句，他反而喜欢宣扬以仁义治天下。他自己也以"明王道，至太平"为己任。
后来方孝孺的父亲方克勤因为"空印案"牵连被杀，是一桩冤案，但方孝孺从未因此表达出自己对朝廷的不满。
