朱允炆在权衡利弊之下，采取了黄子澄的建议，先对河南的周王（因为他和燕王同父同母）下手了，又接连将代王，湘王等人贬为庶人。此时本无心造反的燕王朱棣警觉了起来，毕竟明眼人都知道下一个遭殃的就是燕王，于是燕王开始谋划起兵造反。并于建文元年以靖难的名义起兵造反。
由于朱元璋杀光了朝中大将，建文帝朱允炆无人统兵，因此朱棣一路势如破竹，一路打到了沛县。建文帝眼看自己处于劣势，便召方孝孺问计，方孝孺以燕王长子朱高炽宽厚仁慈，次子朱高熙从军征战和长子不和这一特点，企图使用反间计来挑拨二人的关系，但是他忽略了朱高炽的决心，因此反间计没有成功。
后来燕王朱棣一路势如破竹，一直攻到了江北，此时京师危在旦夕。此时朱允炆再次召方孝孺问计（这么看朱允炆还真挺信任方孝孺的），方孝孺认为此时军队再度集结已经很困难了，可以先割地求和来麻痹燕王，等各地擒王军队到了再进攻燕王朱棣。
