以上种种，慈禧太后心里早就想惩治一下这个猖狂的妃子，但并未起杀心，珍妃的死完全是咎由自取，因为他触犯了慈禧的底线，最终招致杀身之祸。
首先是珍妃卖官，清朝晚期虽然已经实行了“捐纳制度”，但办这个事必须由朝廷官员出面，虽然也有太监们私下收受好处，帮别人说上几句好话，但也都是小心翼翼，珍妃有段时间手头紧，见这是一个难得的赚钱机会，于是仗着光绪帝对自己的溺爱，竟也干起了卖官鬻爵的勾当，而且是明目张胆，被慈禧太后抓住后痛打一顿。
再之就是珍妃胆大到干政的地步，她不仅支持光绪搞变法，还帮助参考官员的任用，光绪皇帝执意要与日本一战（即“甲午海战”），竟也有珍妃在背后怂恿，珍妃的所作所为已经不仅仅是干政，而是完全走到了慈禧太后的对立面，光绪身为一国之君，不听话都要被软禁，一个小小的妃子，随时都可能被要了性命。
果然，1900年八国联军攻入紫禁城，慈禧太后带着光绪帝连夜仓皇西逃，临行前就下了这么一道命令，令太监崔玉贵前去处决珍妃，珍妃的结局就是命丧如今故宫中的“珍妃井”，1902年慈禧太后“回鸾”，在井底已经腐烂的珍妃尸体才被打捞上来埋葬。
那么问题来了，去过故宫的很多人应该都见过那口“珍妃井”，井口小的有些让人不可思议，别说塞进去一个人，恐怕连头伸进去都困难，难道珍妃命丧“珍妃井”有误？或者这口井是后来为了旅游宣传而复建的一口井？其实都不是。
这口“珍妃井”就是当年淹死珍妃的那口井，位置根本没有变动过，只不过后来为了安全起见，将原井口封了起来，然后在其上面加盖了石头井沿，也就是说，我们现在看到的井口并非当年的井口，原井口足以塞下珍妃纤小的身躯，而且故宫中那么多口井，井水却被打上来用，因此珍妃溺死井底也很难被人发现。
