可是孝文帝迁洛以后，鲜卑贵族中划分土庶，南迁的身于封建新费，留镇的地位下降，身分上发生明显差别。未迁者"自非得罪当世，莫肯与之为伍，征镇驱使，但为虞、白直，一生推迁，不过军主。然其往世房分留居京者，得上品通官，在镇者便为清途所隔"。
一般镇兵地位也比过去下降，治为"府户"，受镇将的奴役，"役同厮养"。至于那些由各族罪犯徒配而来的镇民的地位更为悲惨，均田制在这里根本不能推行"主将参僚，专擅映美土荒，以给百姓"。当时六镇地区，社会危机十分严重，以致有人预见到"必造祸源者，北边镇成之人也"。
在镇兵镇民积怨已深的情况下，这里首先发生了起义，部分不得志的镇将，也参加了镇民镇兵的反魏斗争,五二二年（正光三年），柔然主阿那环进攻北魏，怀朔镇民请求发放粮照以使守御，遭到镇将于景的拒绝，愤怒的镇民一怒杀死于景。
次年（五二三年），因为高阙戍主虐待部下，沃野镇民在匈奴人破六韩拔陵领导下，杀死成主，发动起义，"请镇华夷之民，往往响应"。五二四年（正光五年），敕勒族在酋长胡琛领导下，也于高平镇（今宁夏固原）起义响应拔陵。
拔陵部下攻占武川、怀朔，起义军全部控制了六镇，并在五原大败魏军，白道（今内蒙呼和浩特北）之战，打得魏军"支轮不返"。北魏朝廷为分化起义内部和麻痹起义军斗志，宣布改镇为州，又派员"抚慰六镇"，但并未收效，和柔然可汗夹击起义军，五二五年（孝昌元年），起义军被打败，拔陵不知所终。二十万义众，被北魏强徙于冀（今河北冀县）、定（今河北定县）、瀛（今河北河间）三州。
