后来吴长庆回山东路上病死，朝鲜的军政要务就完全由袁世凯来处理。
袁世凯在朝鲜的12年，左右着朝鲜的军政大事，这让朝鲜朝野上下都对他非常不满，毕竟袁世凯所代表的是清廷的利益，和朝鲜本国的利益是相冲突的，比如在如何面对日本人的问题上，当时袁世凯一直采取打压的策略，可是日本人也不是吃素的，他们扶植了一批亲日分子，企图通过政变，来摆脱袁世凯的控制。
1884年，日本扶植的开化党趁着京城邮政总局新厦落成之机，强行将李熙迁入景佑宫，然后让驻朝鲜的日军来保护。第二天昭告天下，要求解除与清朝的藩属关系，建立独立国家。
袁世凯当机立断，给将士分发600两黄金，带领将领攻打王宫，之后开化党和日本人逃往仁川，并一把火把领事馆给烧了。
这次政变平息之后，袁世凯受到李熙的邀请，住在偏殿，如果有大臣要上奏，必须要先禀告袁世凯，袁世凯成为朝鲜实际控制人。
但是日本使馆被烧，也为中日矛盾埋下祸根，之后日本借东学党人起义，大举派兵进驻朝鲜，这也为日后甲午战争埋下伏笔。甲午战争前夕，袁世凯也感受到山雨欲来风满楼的危机，致电李鸿章要求回国，在他踏上回国船只后不久，中日甲午战争爆发。
