此后这样的讽刺，孔融经常干，曹操被搞得很恼火，但是孔融是孔子的十九世孙，曹操只能忍，当然曹操还是没忍住，因此在建安十三年八月二十九日将孔融处死，罪名是"招合徒众"，"欲图不轨"、"谤讪朝廷"、"不遵超仪"等罪名，简单解释下就是妖言惑众罪，图谋造反罪，并且曹操还株连了孔融全家，五十六岁的孔融就这样死了。
曹操下狠手，可把许昌的官员给吓到了，这不孔融被处死竟然没有人敢为他收尸，只有京兆人脂习与孔融交好，准备为孔融收尸，抚其尸说："文举丢下我死了，我也不再活了。"曹操听说大怒，准备逮捕捕脂习并杀害掉，后来脂习逢赦免才被释放出来。讲真曹操在建安十三年杀孔融的举动，估计让人摸不着头脑。
孔融这位名士，也就是耍耍嘴皮子，何况还是孔子的十九世孙，杀他简直是得不偿失。很多学者认为是孔融在朝廷上说过要遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯，这不是表明要反对曹操吗？因此曹操越来越怕孔融，也越来越想杀孔融，可大家都知道曹操本来就控制着朝廷，这样的上奏和建议是无效的。
