袁崇焕对于毛文龙的愤怒无关私仇，而是源于一山不容二虎的权力之争。在袁崇焕离京前，他与内阁辅臣钱龙锡谈到辽东事宜时，并不把收复失地摆在首要位置，而是明确"先从东江做起"，就是先集中精力收拾毛文龙，并大言不惭说："可用则用之，不可用则杀之。"作为钦差督师的下马威，袁崇焕第一招就是封锁毛文龙的经济来源，不许登州一条船出海，凡运往东江的物资必须经过袁崇焕衙门挂号方能出海，这一措施不仅控制了毛文龙粮饷供应，而且切断了他海上贸易的命脉。
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毛文龙绝境下向崇祯申诉："自从受到几十份奏疏诽谤以来，早已心腹事会，只因圣恩未报，才力疾以做未完之事，这是臣的愚忠，并非恋位。谁知袁督师封锁登州沿岸，不许一船出海，以至客船畏法不敢前来，故而部下士兵说：是拦喉切我一刀。"由于崇祯已经授予袁崇焕尚方宝剑全权处置蓟辽及登莱天津一切事宜，当然包括东江在内，故未对毛文龙上书进行表态。毛文龙见崇祯未表态，再次上疏，倾诉孤撑海外苦衷："责臣虚冒军饷，是朝臣终于未明，而使臣心终于不白。并非臣冒领军饷贪图金钱，只不过力图恢复辽土。
