美国政府要求塔利班政权立刻交出本拉登。这并不是美国政府第一次提出这样的要求。早在克林顿时期，美国政府就曾经要求过塔利班交出本拉登，但塔利班的领袖奥马尔每一次都拒绝了美国人的要求。他的理由是既然本拉登来到自己的地盘上避难，那么本拉登就是他的客人。按照穆斯林的传统，他是不能主动把客人交到他的敌人手里的，交到异教徒手里那就更加不可能了。
1997年，身处阿富汗的本拉登接受记者的采访
在克林顿时代，奥马尔虽然押着不肯放人，但美国政府口头谴责一下也就算了。所以奥马尔一直也没把美国人的话太当真。在911之后，奥马尔再次发表声明表示自己绝不会交出本拉登。可能为了充分表达自己的决心，他还特别补充说：“即使搭上自己的性命和政权也在所不惜。”
奥马尔可能觉得之前美国人也就动动嘴皮子，不放人也不能把他怎么样。但他不知道的是，这次他面对的是完全不一样的情况。本土遇袭，将近三千条人命，美国政府对外不可能表现出一丝一毫的软弱，否则根本没法跟民众交代。小布向全世界宣布：“对于恐怖分子和包庇恐怖分子的国家，我们不做区别对待。他们必须一起付出代价。”
如果用某位著名的80后的话来形容，这就是美国版的超强硬对强硬。
9月14日，小布什爬上世贸双塔的废墟，用扩音喇叭发表了讲话，他说把这两栋楼撞倒的人很快就会尝到美国人的厉害
双方都放过了狠话，事情已经没有任何商量的余地了，只能开干了。
9月26日，在世贸双塔倒塌十五天后，7名中情局特工乘坐着一架直升飞机飞越了海拔4200米的安朱曼山口，降落在了阿富汗北部的一处山谷中。他们携带着可以与中情局总部取得联系的通讯器材以及三百万美元的现金。
在这里，中情局特工们跟北方联盟的领袖碰了面，他们代表美国政府提议双方进行合作。美国人可以提供战争所需的资金、武器和空中轰炸，北方联盟则负责在地面战场上狠狠地痛扁塔利班。
北方联盟的领导人立刻接受了美国人的提议。在接下来的一个月里，中情局特工们背着GPS仪器对塔利班和北方联盟之间的战线进行了测量，把关键军事目标的坐标传输回了美国国内。
10月7日，美军开始对塔利班控制下的机场和训练营等军事目标进行轰炸。
与此同时，美军特种部队绿色贝雷帽也渗透进了阿富汗。他们和当地人骑着马穿行在群山之中，为头顶上的B52轰炸机投下的激光制导炸弹提供目标定位。
空袭开始三个星期后，塔利班的阵线开始全面崩溃。11月13日，也就是空袭开始五个星期后，北方联盟的地面部队占领了喀布尔。与此同时，阿富汗境内的塔利班军事政权已经开始分崩离析。
在短短两个月里，塔利班政权就丢掉了统治下的大部分土地
在11月15日左右，基地组织的三号头目被美军的飞机炸死了。基地组织成员在本拉登的带领下都跑到了一个叫做托拉博拉（Tora Bora）的山区。这里地处阿富汗与巴基斯坦交界地带，崎岖的山间小道和无处不在的山洞让这里成为游击战的完美地点。
本拉登对这片山区非常熟悉。在苏联入侵时期，他就曾经在这片群山中带领着士兵与苏联人作战。凭借着地形优势，几百名阿富汗士兵就能击退几千名苏联士兵和几十架直升飞机的协同进攻。他决定在这里跟美国人继续打游击。
与此同时，美国人也知道本拉登就躲在托拉博拉，他们根本不在乎本拉登是不是要跟他们打游击战。在绝对的实力面前，一切地形优势都是浮云。美军的飞机对这片地区进行了疯狂的饱和式轰炸。国防部长拉姆斯菲尔德每天上班第一句话就是：“怎么样，炸死本拉登了没有？”
小布什在自己的办公室抽屉里有一张金字塔状的基地组织架构图。每当美军炸死一名基地组织高层，他就会亲自在图中把相应的名字划去。每一天，总统都在询问下属什么时候才能把本拉登的名字划掉。
