蓝玉成长为最重要的军事将领
此战后，蓝玉因功封为梁国公，成为朱元璋后期朝中武将集团的首领。蓝玉自恃有功，便逐渐骄横起来，他领兵在外时，经常擅自升降将校，在军中培植党羽，甚至对皇帝的诏令也有所不从。
更为严重的是，蓝玉不仅在回师途中纵兵毁关，形同哗变，还私蓄庄奴数千人，横行霸道，胡作非为。御史上奏弹劾他，竟然命手下殴打御史。蓝宇这些嚣张跋扈的行为，开始令朱元璋寝食难安。
集胡惟庸之后，蓝玉迅速成为了锦衣卫重点关照的对象。此后，蓝玉的一举一动都尽在皇帝的眼中。洪武26年，也就是1393年的一天，蒋献和几位头领，在整理完蓝玉谋反的罪证之后，随即带领锦衣卫前往梁国公府抓捕蓝玉。
在朱元璋的授意之下，锦衣卫在赵玉那对蓝玉动用了各种刑罚。遍体鳞伤的蓝玉，为求速死，一口承认了所有的谋反罪行。朱元璋以谋反罪，将蓝党成员抄家灭族，自公侯以下被杀的官员及家属，约一万五千多人。
朝廷威胁清除之后，朱元璋开始清除锦衣卫
经过“胡蓝党案”，朝中大臣几乎被杀一空。而当外廷威胁清理完毕之后，朱元璋也开始削减锦衣卫的职权。在传位皇太孙朱允文之前，朱元璋深恐锦衣卫尾大不掉，便立即下令焚毁诏狱刑具，并严旨大小案件必须交给三法司审理。
为了平息众怒，朱元璋还将指挥使毛骧、蒋献二人秘密处决。这些举措都为日后朱允文继位拔除了隐患。洪武31年也就是1398年，71岁的朱元璋在南京皇宫平静的死去。建文帝朱允文登基为帝。
可是，由于开国功臣被屠戮殆尽，加之锦衣卫被消解，导致皇权削弱，结果给了燕王朱棣可乘之机。四年之后，建文帝失踪于应天城的战火之中。他的叔叔朱棣取而代之，锦衣卫也暂时的消失于历史。
