在处死胡惟庸之后，朱元璋立即颁布了《昭示奸党录》。朝臣们原以为朱元璋针对的，只是胡惟庸和极少数亲信。但他们没想到，最后被处以极刑的钦犯，多达三万人。朱元璋随即罢除中书省，最终大权独揽。
而在清剿胡党的过程中，仪鸾司也悄悄完成了它的职能转换。洪武15年，朱元璋亲自驾临拱卫司，将其改名为锦衣卫指挥使司。设指挥使一人，官至三品；同知二人，官为从三品。下属机构有南、北镇抚司，其中北镇抚司专理诏狱。
锦衣卫，这个贯穿有明一朝的间谍组织，至此走上了历史舞台。锦衣卫密探从此无孔不入。在战场上，他们要终日奔波获取军情；在朝内，他们还要负责监视文武百官。
据明史记载，大学士宋濂在家里面请客。第二天，朱元璋突然问他：“昨天有没有饮酒啊？家中来了客人是谁呀？”宋濂都如实回答。朱元璋笑道，“你没有骗我”。宋濂退朝之后，汗流浃背，惊惧不已。
朱元璋利用锦衣卫监视朝野内外
洪武18年，胡党之案再起波澜，短短五年内，被牵连进此案的功臣，自李善长以下有21位。族诛、连坐、流放的有数万人之多，朝中文臣几乎为之一空。
洪武25年，也就是1392年，年过六旬的明太祖再也不是当年那位春秋鼎盛，叱咤风云的帝王了。这些年，马皇后病逝，甚至连太子朱标也都英年早逝，亲近的人一个个离开了自己，在身边只有皇长孙朱允文，能够让他感受到些许温暖。
然而，朱允文性格懦弱，难以驾驭朝中那些手握重兵的武将。在朱元璋看来，唯有亲生骨肉才值得信赖。所以，早先就分封诸子，靠着这些藩王掌兵来制衡武将。现在为了扫除皇长孙继位的障碍，朱元璋开始对日渐骄横的武将痛下杀手。
随着常遇春、徐达、傅友德等老将凋零故去，常遇春的内弟蓝玉渐渐成长为明朝最出色的将领。在捕鱼儿海战役中，蓝玉大军消灭和俘获北元王子地保奴，及官民七万余众，一举摧毁了北元蒙古政权的指挥中枢。
