弘光政权灭亡后，明朝残余势力又在浙江和福建一带进行了抵抗。唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下称帝，建立了隆武政权；鲁王朱以海在张国维、钱肃乐等拥立下，在浙东监国。此时，清军暂时陷入了江南一带民间自发的抵抗斗争中，暂时无法南下。但是隆武和鲁王政权却势同水火，相互对抗，独立发展。1646年6月，清军南下，鲁王灭亡；到8月份，隆武政权瓦解，不久郑芝龙也投降清朝。
在灭隆武和鲁王政权的同时，清朝的另外一支大军在吴三桂和豪格的带领下对张献忠发动了战争。张献忠和李自成都属于高迎祥的农民军，后来分别发展。当李自成攻陷北京之时，张献忠却放弃了传统的荆州之地，学习刘备入川，击败了明朝瑞王朱常浩和四川巡抚陈士奇，建立了"大西"政权。1646年，清军开始进攻张献忠。此时，四川的明朝残余势力也不断进攻张献忠，导致后方不稳。张献忠于是决定率兵北上和清军决战，最终被击败杀死，"大西"政权瓦解。张献忠的残余势力，如李定国等人30万人开始南下和南明结合。
从定都北京开始，清朝只用了2年的时间就消灭了李自成、张献忠、弘光、隆武、鲁王五大势力。此后，李自成、张献忠和南明政权的残余势力，以及郑氏开始联合，共同对付清朝。然而为时已晚，此后的南明政权基本就是流亡政权了，并没有对抗清朝的能力。
三，剿灭永历流亡政权
