身为皇帝的睿宗也无法再假装看不到了，他为刘祎之开脱，但如今睿宗的插手只是让他的死期来得更快些，武则天怎么可能容忍让别人阻止她呢？刘祎之预料到了，在他死前，他沐浴更衣，让儿子替自己写谢表，儿子哭得泣不成声，但监刑之人还在催促，刘祎之被赐自尽。一时间朝中大臣都惶恐不安，不敢表明对刘祎之的惋惜，只能是赞美谢表的文采，但赞美之人也被武则天下令革职，以树立她的威严。
事已至此，睿宗请求母后称帝，还让母后给自己赐姓为武，眼见皇帝这样做，朝中大臣也别无他法，只能任由着武则天称帝，改唐为周，睿宗被赐名"武轮"，以皇太子的名义住在东宫，他仍然还是过着谨慎安分的日子，不敢违背武则天的心思。
698年，武则天被逼退位，而原先被废的中宗李显被拥立为帝，身为弟弟的李旦被被封为安国相王，拜为太尉，但经历了一切的睿宗已经看淡了一切，荣华富贵和权力都是浮云，不久他便辞官，可随后他又被立为皇太弟，但睿宗已经决定不再掺杂皇宫事务，所以还是拒绝了。710年，中宗的韦皇后和女儿安乐公主毒杀了中宗，想要效仿武后亲临朝政，而睿宗身为正统继承人，很有可能会被当作绊脚石，所以他再次让权以保全性命。
