直到一百多年后，万历皇帝还向他的老师张居正问起建文帝之事。张居正回答："此事国史无考"，直接否定了《明实录》的记载。张居正作为朝廷的最高官僚，可以调阅任何资料，他也是个饱学之士，对这种重要本朝历史疑案一定也做过考证。他的结论说明，在明朝时，建文帝事件的真相就已经是一个谜团。
然而，建文帝作为一代颇得人心的帝王，他不会像崇祯那样众叛亲离，他的身边必然有一群誓死捍卫他的亲信文武，无论他赴死还是逃亡，这些人都会追随到底。他们或者贴身护卫建文帝，或者留下来散布假消息，故意迷惑朱棣，然后等待时机，趁势再起。因此建文帝的行踪一定是有人知道的，只是这些人在当时必须严守机密。可是随着时间的推移，当事人逐渐离世，这个机密也就不再那么重要了，他们后代中的知情者，就可能将其透露出来。到了一百多年后的嘉靖年间，出现了一本佚名作者撰写的书，名为《建文皇帝遗迹》，还有一本作者署名为"太岳山人"的《建文皇帝事迹备遗录》，两书内容相同，应该是同一个作者。
《建文皇帝遗迹》不仅详细描述了朱棣进入南京后，建文帝的逃亡过程和最终结局，还讲述了他继位前后以及靖难战争中大明朝廷中的政治生态和社会状况，而且这些记载与《明实录》和《明史》多有不同。
据书中的叙述，朱元璋的太子朱标死后，遭遇白发人送黑发人之痛的明太祖整日悲戚，难以自拔。朱允炆当时还是个正在换牙的孩子，却懂事地劝爷爷说："死生固有命耳，勿得过伤，伏望陛下以天下为重，万一龙体违和，臣等复惊惶无已。"意思是人的生死有命，希望爷爷以天下为重，保重身体，不要过于悲伤。朱元璋见这孩子小小年纪竟如此老成，很是惊讶，于是便着力培养他。朱允炆也不负爷爷的期望，学识日益精进，因而更得太祖宠爱，被立为太孙，准备让他继承皇位。然而为人强悍的朱棣对此很不甘心，有了夺嫡的心思。
