但改革的代价，还是老生常谈的利益再分配所带来的阶级矛盾与内部矛盾。改革，必然会损害一些既得利益者的利益，也自然会遭到他们的反对。
在张居正实行的考成法之中，讲究的是行政效率，对于不作为的官吏则尽皆裁汰，这样的举措在实现了明朝堂的高效运转的同时，也损害了这些地主阶级士大夫的切身利益，毕竟"断人财路犹如杀人父母"。
而在经济上张居正推行的一条鞭法， 则更可谓是直击病灶。 一条鞭法的首创者并非张居正，清流海瑞便曾在辖区内实行，张居正采纳并借助其首辅之位的强力推行之下，原本可以从中渔利、中饱私囊的各层级官僚，作假的成本更高，而明王朝也能够通过这个政策，改变了当时严重盘剥农民的赋役制度，缓解了社会矛盾。而清丈田亩，作为与一条鞭法的并行措施，也避免了地主阶级的偷税，如此一来，原本的财政赤字也得到了扭转，每年的财政盈余也达到了三百万两，至万历十年，财政盈余达到一千二百五十万两。
