另外，张居正改革之中还出现了有别于前朝改革的不用做法，他提出"省征发，以厚农而资商；轻关市，以厚商而利农"的做法，反对重农抑商，提出农商并重。
可以说，张居正是万历朝的"答案"。但遗憾的是，张居正改革所触及到的官吏士大夫、地主阶级，在其死后很容易便借助张居正循吏的特点，找到了攻击支点，更兼之张居正独揽大权，对神宗要求过严苛，导致的明神宗不悦之下，仅仅在他去世后的第四天，这种攻击便已经展开。很快张府被抄家、褫夺官爵，罪示天下。
当然这对历史影响最重要的一点是人死法灭。而这个结局的边际效用就是，明朝的积弊又一次累积，外加之万历帝的怠政，关于明朝覆灭事实上也已是"不可逆的"。
及至崇祯帝时，小冰河时期干旱、蝗灾迭起，土地兼并自耕农破产，流民日众，李自成、张献忠为首的农民起义；满清王朝的上升期，皇太极、多尔衮的英明领导，历史就在这样的扁平化之下，成就了明朝亡国、清军入关、满清定鼎中原。
但与张居正而言，或许修撰《明史》的张廷玉一席话更加恰当："张居正通识时变，勇于任事。神宗初政，起衰振隳，不可谓非干济才。而威柄之操，几于震主，卒致祸发身后。"《书》："曰臣罔以宠利居成功，可弗戒哉！"
