这下南明一下就出现了两个政权，又回到了当初的鲁王和唐王争斗时。永历帝和绍武帝双方又开始了内战，之后，清军攻破广州，绍武帝被灭。朱由榔眼看广西也待不下去了就开始逃亡，来到了大西农民军孙可望所管辖的地方。
然而孙可望并没有怎么待见这位皇帝，没有给他应有的待遇，朱由榔在这里只能忍气吞声。孙可望收留永历皇帝朱由榔并不是因为怜悯，而且想把朱由榔挟持当傀儡，不过后来，孙可望又起了歹心，想直接取代永历皇帝，自封为帝，国号都想好了，叫"后明"。
南明也尚有忠臣在，李定国就是其中之一，当他听到明朝最后的血脉朱由榔的行踪之后，立刻联系到了他。得知朱由榔被困在孙可望的地盘时，李定国当即决定带兵去救出朱由榔，将其带回昆明。
孙可望听到这消息立刻就不乐意了，认为李定国将朱由榔带走坏了他称帝的好事，于是派白文选带兵去剿灭李定国，但是白文选在和李定国交战时被李定国说服，叛变了孙可望，转而和李定国联手保护朱由榔。孙可望得知此消息后，也无计可施，只能投降了清军。
