清朝末期，为了训练新军，清朝原计划在全国编为36个镇。当时清朝所谓的镇就是"师"，其中第19镇在云南组建。
新军是效仿西方国家建立的新型军队，但新军最大短板就是缺乏军官。于是清朝为了把新军训练好，规定各省都可以建立一处讲武堂，以便于各省新军研究武学所用。1899年，云南就设立的陆军武备学堂，这是云南讲武堂的前身。
1908年，云贵总督沈秉经向清朝建议，要办一所陆军讲武堂，地址就在昆明的沐国公练兵处，当时面积有7万多米。
1909年9月26日，云南陆军讲武堂正式组建并开学，高尔登为首任校长，在清朝称为"总办"。云南讲武堂开设了步、骑、炮、工四个科，而且效仿日本士官学校运营，分为学科和术科两大项。
为了适应当时军校的发展，云南讲武堂还聘请了从日本士官学校毕业的中国留学生当教官。这些措施提高了云南讲武堂的水平。
