而随着西方与日本在近代的崛起，清王朝日益处于自身难保的境地，其所维系的宗藩体系也走向瓦解，依附于其上的琉球生赴华留学制度也不可避免的走向了终结。1879年，日本政府宣布改"琉球藩"为"冲绳县"，末代国王尚泰与其他王室重要成员乘坐日本东海丸号离开琉球，在东京被封为侯爵。琉球国从此灭亡。
在日本吞并琉球的灭国关头，对中华文化的向心力很自然地使得一批琉球人流亡中，争取其借助清王朝的干预。但此时正是多事之秋，边疆危机与属国问题此起彼伏，19世纪80年代，清廷同时进行着多项艰巨的外交活动，在西北与沙俄展开收回伊犁的谈判、在朝鲜忙着镇压政变、在越南则要应付法军入侵，对在华琉球人的复国运动，清廷仅能极力安抚而已。
与清朝的不作为相反，日本则步步紧逼，采取镇压及拉拢两手策略。一面大肆搜捕琉球本土的反日人士，另一面又给予旧日的琉球士族种种优厚待遇，明治政府宣布自1885年始，每年支付给部分士族1 6万元，并将很多士族迁往日本，同化为日本贵族的一部分。为了根除琉球自有文化和中华文化的影响，日本还大力推广日语，实行皇民化教育，并提出"日琉同祖论"。在琉球统治阶级内部，也出现了以末代琉球国王尚泰第四子尚顺为代表的开化党，主张投靠日本实行改革，。
最后的琉球国王尚泰
