在明军撤离同时，农民军也乘舟进入开封，不过此时开封全城被淹，没有了驻守价值，所以不久也撤离开封，向河南西部转移。
周王朱恭枵被救出开封后，于风雨之中逃亡到开封郊外，由陈永福属下的军士护卫，在树林中躲避藏身良久。李自成退兵后，才返回开封。不过此时开封都被洪水淹没，周王府宫殿房屋全部倒塌或者没于水中，不能居住。周王的家产也在三次开封之战中或用于赏赐守军、或被大水吞没，坦然无存。周藩上下生计无着、陷入困顿。
崇祯帝得知周王的窘迫后很是挂念，赐书慰问，并赐内帑金帛及物料，以抚慰周藩。由于开封藩地历经大战已经残破不堪，不宜居住，所以崇祯帝特别下旨，让周王及其家眷可以离开封地，前往彰德府寄居，稍做安顿。
经历了惊心动魄的两年守城作战，年过六旬的周王朱恭枵身体大受打击，再加上洪水破城后家产被涤荡一空，更加摧垮了周王的意志和信念，在寄居彰德后不久，心力交瘁的周王朱恭枵就罹患重病，卧床不起。
