事实上，往往有一些屠杀惨剧还并不是明朝军队自发的暴虐，而是朱明统治者有意训导为之。如果有军队敢不进行屠杀，反而受到严厉申斥。从朱元璋所下几道令旨可见一斑。
龙凤十二年（即至正二十六年）三月所下的一道令旨完全是元代白话，语义浅显，连今人都很容易看懂--"当城破之日，将头目、军人一概杀了，倒无可论。掳了妻子，拨将精汉来我这里，陪了衣粮，又费关防，养不住。"很明显，老朱这道令旨的意思是把张士诚守军"一概杀了"，他生怕"养不住"。
龙凤十一年十月所下另一道令旨也是大同小异--"吴王亲笔：差内使朱明前往军中，说与大将军左相国徐达、副将军平章常遇春知会，十一月初四日捷音至京城，知军中获寇军及头目人等六万余众。然而俘获甚众，难为囚禁。今差人前去，教你每军中将张军精锐勇猛的留一二万，若系不堪任用之徒，就军中暗地去除了当，不必解来。"六万多俘虏只能"精锐勇猛的留一二万"，其他人不必解来，这是多么凶残的杀俘手段。世人都知白起项羽屠杀战俘，却不知这位朱皇帝杀俘手段远远超过古人。
作为历史铁证的还有朱元璋洪武三年对徐达所下的令旨，同样是元代白话，通俗易懂--"别无甚么说的缘故，止是就阵得的人及阵败来降的王保保头目，都休留他，一个也杀了。"老朱对张士诚部下是"教你每军中将张军精锐勇猛的留一二万，若系不堪任用之徒，就军中暗地去除了当"，对王保保部下是"都休留他，一个也杀了"，看来元璋老兄从龙凤到洪武，杀俘之心进步还是蛮大的嘛。
打天下时血腥杀戮倒还情有可原，毕竟自古未闻不杀而能取天下者！然而朱元璋坐了天下后反而变本加厉，更以血腥屠杀来维护自己的极端独夫政治。胡蓝之狱、空印案、郭桓案，四次有计划的谋杀；再加上持续十三年（洪武十七年至二十九年）之久的文字狱，洪武一朝被杀者达十几万人，"文臣亦多冤死，帝亦太忍矣哉！"对于这种非正常的杀戮，当时就有人提出异议，洪武二十五年（1392），太学生周敬心上书："大戮官民，不分藏否。其中岂无忠臣烈士善人君子？於兹见陛下之薄德而任刑矣。"这完全是骇人听闻的人口灭绝。"村墟断炊烟，陇上无行人"，这是当时诗人笔下对大案开杀的惨状描写。明代史家谈迁评价说："而当时死徙遍天下，一空印，一盗粮，祸至溢矣。"连朝鲜国王也对朱元璋的屠杀十分震惊，评论说："忌英雄及功臣，指为蓝党、胡党，皆杀之，无乃不可乎！"
