至于老四燕王朱棣，当王爷时还人模人样，一旦篡位成功，便撕下伪饰的面具，暴露出嗜血的残暴本性，凌迟两千八百多宫女，强迫建文忠臣吃儿子的肉，对待建文忠臣妻女"每一日夜二十馀条汉子看守"，竟公然下指令"由他不的，长到大便是个淫贱材儿"、"著锦衣卫分付上元县，抬去门外，著狗吃了"，种种暴行已经是世人皆知。
此外，在朱棣发动的那场靖难之役--这场前代罕有的篡位大内战中--无论是建文军还是燕军双方都大开杀戒，把北中国变成一个巨大杀戮的修罗场。据山东临清县肖寒村《李氏族谱》记载："盖燕王靖难兵起，在建文时南北构兵……或杀、或剐、或逃，东西六七百里，南北近千里，几为丘墟焉。" 《奉天靖难记》里也记载了一段明朝建文官军常被人忽略的惨绝人寰的暴行："先是，辽东贼将杨文等领军来围永平，以游兵万余钞掠蓟州、遵化诸郡县，所得人民无老少皆烹食之。民有年百一十岁，亦被其杀。又竖桩于地，锐其末，坐乳儿其上，入其谷道以为戏，其淫刑酷虐无比，百姓苦之。"也许有人以为这是朱棣御用文人对建文一方的污蔑，但事实上当时靖难军与建文军两方杀红了眼，殃及无辜百姓之事应有可能，何况将在外，君命有所不受，对敌方境内骚扰，也是一种战争手段。
朱元璋朱棣这"二祖"之后，明朝社会的恐怖气氛总算有所缓和。尽管如此，朱明政府军对中原百姓及边疆少数民族的屠杀事件，仍是史不绝书。
成化六年（１４７０年）十月，荆襄流民李胡子（李原）、王彪、小王洪等刘千斤旧部又聚众起义，他们于南漳、内乡、渭南之间活动。李胡子称太平王，立一条蛇、 坐山虎等名号。十一月，明廷派都御史项忠总督河南、湖广、荆襄军务，与湖广总兵李震前往镇压。流民附和李胡子起义者虽达百万之众，但无严密的组织，又无武器，他们的目的只是能在这里得到土地，得以生存。一见项忠招谕，便扶老携幼，纷纷出山。计有４０万流民受抚。义军势孤，李胡子退入深山。项忠派副使余洵、都指挥李振进山追捕，与李原部在竹山县相遇，李原战败被擒。小王洪所部５００余人屯于钧州龙潭，亦被破擒，起义最终失败。
令人发指的是，项忠这个屠夫竟指挥官军对手无寸铁的流民进行了血腥的屠杀。当时流民有自洪武年间即入山耕田者，并未参加起义。明军入山，不分青红皂白，"尽草剃之，死者枕藉山谷" （《明史纪事本末.荆襄之役》）。数万余人被编戍湖广、贵州，集体乘船而往，多得疫病而亡，弃尸江浒，臭不可闻。还有那被招出山的４０万众，项忠强迫其还乡，适值溽暑，因饥渴而死者众多，瘟疫流行，押送者惧其传染，往往故意沉舟于江，大部分人因此丧命。 更具讽刺意味的是，这场大屠杀过后，项忠竟然在流民的累累白骨上，立平荆襄碑以记其功。此碑被时人称作堕泪碑，以嘲其滥杀无辜。御史弹劾其滥杀无辜，明政府却视若罔闻。
