宣和三年(1121)正月，童贯、谭稹分兵两路率军向杭州和歙州进发，仅仅用了一个月就包围杭州，方腊军经过苦战，因粮尽援绝，被迫退出杭州。杭州失守，革命形势急转直下。
歙州、睦州、衢州、婺州接连失守，最后方腊被宋军围困于帮源峒。起义军奋起反抗，先后有7万多人壮烈牺牲，最后方腊被生擒，并于宣和三年(1121)八月二十四日被杀。
方腊被俘遇害后，起义军竟然无一人投降，仍然奋力反抗。兰溪灵山峒义军胡姓、祝姓二将与宋军刘光世部奋战，胡、祝等一千六百多人战死。俞道安部义军从乐清攻打温州，战斗三十多天，不下，转入处州境。最后被宋军包围，英勇战死……
方腊去世8个月后，起义军才被完全镇压。历史对方腊的整体评价还是正面的，他性情豪爽，深得人心，加上有较强的组织才能，自身又出身贫苦，所以深得广大农民的拥护。
可惜的是，他低估宋军实力，起义很快就被宋朝禁军镇压，没有改变宋朝的腐败政策，但对宋朝的国力有所削弱，是导致宋朝后来败给辽金的重要原因之一。
