内外夹击下，王杲叛乱很快被平定，不过很可惜的是，李成梁的军队在兵荒马乱中误将觉昌安父子当成王杲的人，将他们给杀掉了，出于羞愧，也算是奖赏，李成梁将努尔哈赤扶上了首领位置，还补偿他"敕书三十道、马三十匹"
努尔哈赤曾在李成梁的家里住过很长时间，这是他祖父觉昌安与父亲塔克世当内奸时，李成梁将他作为人质留在了李家，在李家呆的这段时间，努尔哈赤学习了很多的汉族文化，还同李成梁建立了良好的关系。
努尔哈赤本身就是一个变化无常的人，他知道女真如今并不强大，于是在李成梁的麾下，他只能装孙子，而李成梁也乐于看见努尔哈赤的服从，在李成梁第二次任辽东总兵时，他做了最大的一次失误。
到了辽东，李成梁开始暴力征伐对明朝有威胁的游牧民族，这其中包括泰宁部速把亥，叶赫女真的清嘉奴、扬嘉奴，在平定这些部落的同时，李成梁却没有管努尔哈赤的建州女真，此时的努尔哈赤完全已经统一了建州女真，正在逐步的蚕食海西女真，李成梁觉得自己为明朝清理了这么多的威胁，有不世之功，他却不知道，也是他的纵容，最终建州女真成为了明朝最大的威胁。
万历三十四年（1606年），李成梁放弃了辽左六堡，这代表着他将数十万公里的土地，拱手相让给努尔哈赤。1615年，李成梁去世，三年后，努尔哈赤发表"七大恨"正式起兵对明朝宣战，九泉之下的李成梁如果知道此事，不知会有何感想。
